omics 관련 자료 (미생물 function, id, quantity, activity 확인 방법)

소개글

Auckland university 강의를 바탕으로 만든 필기 자료입니다. (BIOSCI 347)
환경에 존재하는 미생물의 ID, function, quantity, activity를 확인할 때 사용되는 기법들을 정리해 놓았습니다.
한글이랑 영어가 섞여있어서 이해하시는데 어려움 없으실 겁니다.

목차

1. Cultivation
2. 16S rRNA gene approach - ID
3. Shotgun metagenome sequencing
4. Microbial genomics - genomics / metagenomics
5. Quantify microbial community - FISH, qPCR (real-time)
6. Uncultivated microbes’ activities - FISH/MAR, SIP

본문내용

Cultivation
<장>
- 실험을 in a controlled lab environment 에서 perform 가능함
- Genetic variation 을 create 해서 variable experiments 가능
- Genomic analysis 를 위한 large amt of material 에 easy to access
- New microbe 를 formally resister 하기 위해 pure culture 에서 배양해야 함

<단>
- Most of the microbe 의 present 가 miss 됨
- Whole microbiome 을 analysis 할 경우 많은 time, labour 필요함
- Growing in an agar plate 로 인해 microbes 의 특성이 바뀔 수 있음 e.g. a certain gene 이 switch on/off 될 수 있음
- Lab environment 에서 자라지 않을 수 있음

참고 자료

없음