생명공학실험. DNA추출, PCR, 16S rRNA 시퀀싱, 계통수그리기

목차

1. Abstract
2. Introduction
3. Materials & Methods
4. Results
5. Discussion
6. Conclusion
7. References

본문내용

Abstract
미지의 미생물을 동정하기 위한 실험을 진행하였다. 먼저 미지의 미생물의 GDNA를 분리한다. 이 분리과정은 까다롭기 때문에 3회에 걸쳐 진행하였으며, DNA추출이 잘 되었는지 확인하기 위해 전기 영동을 행하였다. 전기 영동 확인결과 3개의 샘플 중 단 2개만이 DNA추출에 성공하였다. 이 중 하나를 골라 27F & 1492R Primer를 이용해 PCR로 미지미생물의 16s rRNA를 증폭하였다. 증폭된 유전자를 업체에 맡겨 시퀀싱을 하였고, 우리는 그 결과를 이용해 Bioedit프로그램으로 상보적인 서열을 맞추고 Ezbiocloud를 통해 예상되는 균주와 시퀀싱이 비슷한 균주의 파일을 받아 Phylogenetic tree을 그렸다.

Introduction
Genomic DNA 분리
세포 내부는 다양한 물질들이 용해된 상태이다. 이들 중 GDNA만 분리하기 위해서 다음의 과정들이 필요하다. 먼저 세포들을 파쇄 하여 세포내 구성물질을 용액화하고, 화학적 작용을 통해 protein을 제거한다. 예를 들어 proteinase가 있다. 따라서 이와 같은 enzyme를 처리함으로써 용액 속 protein을 작은 조각들로 분해한다. 이후 phenol, chloroform, STE buffer, PCI 혼합물을 처리한다. phenol은 물보다 protein의 용해도가 높아 수용액 속 protein을 추출하고 구조를 변성되도록 한다. 따라서 phenol을 혼합한 뒤 원심분리를 통해 페놀과 수용액을 분리하면, protein이 수용액으로부터 phenol로 분리되도록 한다. 한편 phenol은 약하게 수용성을 가지고 있어서 실험 중 수용액에 일부 용해되어 DNA와 함께 추출된다. 이 때 클로로포름을 함께 처리하면 phenol이 물보다 높은 용해도를 가지는 chloroform에 용해되므로, phenol과 protein을 좀 더 효과적으로 수용액에서 분리할 수 있다.

참고 자료

Fitch WM(1997) On the problem of discovering the most parsimonious tree. Amer Nat 111:223-257
Campbell et al, 전상학, 『캠벨 생명과학10판』, 바이오사이언스출판, 2016, p379~403/ 432~456