[A+]생유기화학중간고사레포트

소개글

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목차

1. 목적
2. 과정
3. 결과

본문내용

1. 목적

PDB구조에서 ligand와 protein을 분리한 후, 이 둘을 다시 docking하였을 때 원래의 PDB구조와 docking한 구조가 완벽히 일치하게 나옴을 확인한다.

2. 과정
① PyMOL을 이용하여 PDB구조에서 ligand와 protein을 분리한다.

<protein>
<ligand>

② AutoDockTools를 이용하여 Protein과 ligand의 docking file(.pdbqt)을 생성한다.
모든 PDB file에는 H가 없으므로 protein의 pdbqt file 생성 시 반드시 H를 추가하여 H의 위치를 한정시켜준다. 단, Polar atom에 붙어있는 H만 나타나도록 추가한다. 또한, ligand의 pdbqt file 생성 시 rotatable bond의 수를 설정해주도록 한다.

<protein의 pdbqt file>
<ligand의 pdbqt file>

③ Grid Box를 설정하여 Protein에 ligand가 docking할 자리를 정해준다.
여기서 AutoDockTools는 Grid Box를 visualized해주는 역할이며, Grid Box는 원래의 crystal structure에서 발견되던 ligand 주위로 여유있게 잡도록 한다. Grid Box를 Spacing(격자간격, angstrom)=1.000, Grid Box Center X=11, Y=90.5, Z=57.5, Number of point in dimension X=22, Y=24. Z=28로 설정하여 visualized해본다.

참고 자료

없음