Agrobacterium tumefaciens의 Ti plasmid, transformation, sequencing, NCBI, BLAST

소개글

Ti plasmid를 이용해서 트랜스포메이션시키고 그 시퀀싱 결과를 NCBI의 nucleotide 및 protein Blast에서 찾아보는 과정.

목차

abstract
Introduction
Materials & method
Results
Discussion
References

본문내용

Abstract
이번 실험은 Agrobacterium tumefaciens이 가지고 있는 Ti plasmid를 이용하여 벼(Oryza sativa)의 특정 gene 안으로 insertion 한 뒤 그것이 어느 위치에서 일어났는지 웹을 통한 검색으로 알아보는 것이 목적이다. transformation된 벼의 잎을 잘라 gDNA를 추출하고 inverse PCR에 이어서 nested PCR을 시행했다. 얻은 DNA를 gel running 시켜 여러 밴드를 얻은 후 몇 개를 골라 기관에 sequencing을 의뢰한다. 이 DNA는 insertion 시킨 DNA가 아니라 insertion된 DNA이다. sequencing 결과 base의 순서를 알고, NCBI의 nucleotide BLAST를 이용하여 어느 chromosome에 들어있는 것인지 알 수 있게 되었다. 이 DNA(query)가 등록되어있는 subject와 일치하는 지의 여부를 확인하고, softberry에서 amino acid로 전환하여 다시 NCBI의 protein BLAST를 이용해 어떤 protein인지 알 수 있게 된다. 내가 선택했던 sequence는 intron에 끼어들어갔기 때문에 GUS gene은 발현되지 않을 것으로 생각된다.

Introduction
독일의 Max Planck 연구소의 Jozef Schell과 벨기에의 Ghent 주립대학의 Marc Van Montagu, 네덜란드 Leiden 주립대학의 Rob Schilperoot와 미국 Monsanto 사의 연구자들은 거의 동시에 자연계에서 식물을 감염시키는 토양 미생물인 Agrobacterium tumefaciens이 가지고 있는 Ti plasmid의 일부가 식물체 염색체 내로 전이됨을 확인하고 Ti plasmid의 고등식물 형질전환용 유전자운반체로서의 활용 가능성을 제시하였다. 그 이후에 식물학자들은 Ti plasmid를 이용하여 외래 유전자의

참고 자료

http://en.wikipedia.org/wiki/Inverse_PCR
http://en.wikipedia.org/wiki/Nested_PCR